(一)建造投資費用高
別潔凈室的建造費用很高，一般來說，100級垂直單向流的潔凈室，其室內裝修(墻、頂、地、門、窗等)和空調凈化系統(包括制冷空調設備和管道配件、凈化設備和配件等);如果加上純水制備設備和系統管道，純氣發生和系統管道，廢水治理設備和管道，消防系統，供配電和自控系統，真空清掃系統等等，其單位面積的建造投資費用要高達幾元人民幣/ m2。
(二)運行管理費用大
因為別潔凈室凈化風量大，新風量也大，溫濕度要求嚴格，所以空氣熱濕處理和空氣輸配的能量消耗大，耗電多，運行費用貴。
(三)靈活適應性強
因為，科學技術的發展很快，高科技的產品不斷出現，尤其是電子工業的發展更是日新月異，像集成電路的發展2~3年就更新一代，這就要求為其服務的別的潔凈室必須能適應其發展速度，有的靈活性和適應性。因為建造一個潔凈廠房是百年大計，不是一、二年就會拆掉重建。因此，在設計和建造潔凈廠房時，就要考慮到工藝的發展、變更，就要考慮到潔凈廠房的靈活性和適應性。從一個潔凈廠房的靈活適應角度，可將其分為三個層次，是不可變的部分。無論怎樣改都不能改變的部分。如基礎、梁、柱等結構部分;第二是可變但不容易變的部分。如潔凈室的圍護、裝修等;第三是可變而且容易改變的部分。如動力、空氣、水、氣體溶劑的供給部分和廢氣、廢水、廢料等排放部分。
(四)安全、可靠性好
從前面(一)、(二)兩條特點可以得出建造和使用這樣的潔凈室要付出何等的代價。但是為了生產出高可靠、高質量的高科技產品也必須具備這樣的生產環境。因為，建造潔凈室的目的是為使用，是為了得到高成品率合格產品。為了達此目的，設計和建造潔凈室必須把安全可靠放在位。保證所建造的潔凈室在潔凈度、溫濕度、風速、壓力等所有參數必須滿足生產工藝的要求，保證安全、可靠、不出事故。這一點絕不能馬虎，更不能打折扣，要萬無一失，只有這樣才能有效益，才能達到建造潔凈室的目的。